ועדת ההוראה נבחרת לתקופה קצובה ע"י מליאת החברה, והיא מורכבת משתי תת ועדות עיקריות: תת ועדת קוריקולום,האחראית על בניית תכנית הסמינרים השנתית ועל בקשות מיוחדות של מתמחים בהקשר לתכנית, ותת ועדת ליווי והערכה,האחראית על ההכשרה המעשית,ועל ליווי מתמשך של המתמחה לאורך ההכשרה. ועדת ההוראה מלווה כל מתמחה בדרך הארוכה והמורכבת של רכישת המיומנות והזהות המקצועית שלו כפסיכואנליטיקאי. לכל מתמחה נקבע מקבל פנים אישי מתוך הוועדה העוזר לו בתחילת דרכו בכל עניין הקשור להכשרתו, עד הגעתו לסיום המוצלח של לימודיו והכשרתו. הוועדה מודעת לכך שבמקרים מסוימים עלולים להתעורר קשיים וספקות ביחס להתאמתו של המתמחה לתחום הפסיכואנליזה, ולעתים רחוקות עד כדי החלטה על הפסקת ההכשרה. הוועדה מייחסת את מרכז הכובד של תהליך הליווי וההערכה של דרכו של המתמחה במכון לעבודה המשותפת שעושה המתמחה עם מדריכיו. הוועדה רואה במדריכים את השותפים העיקריים להערכת המתמחה וליוויו, בנוסף לציבור המורים הבא עמו במגע. לוועדה אין כל גישה לאנליזה האישית של המתמחה, ואף לא לתהליכים המתרחשים במפגשים שבהנחיית מנחה הסמינר על "התהוות הפסיכואנליטיקאי" . ועדת ההוראה שואפת לקדם ולהעמיק את הקשר בין המדריכים, המורים והמכון. לשם כך יפותחו מסגרות ומפגשים, שבהם יתאפשרו הבנה והעמקה איכותית ומשותפת של מסלול ההכשרה וההתקדמות של המתמחה במכון. הערכת המתמחה (בהתבסס על תקנון ההוראה*): I. המתמחה נמצא בתהליך ליווי והערכה במשך תקופת הכשרתו. האנליזה האישית היא חסויה ולא תהווה כל גורם בדיווח או בהערכה של המתמחה. II. ועדת ההוראה מוסמכת להפסיק את תהליך הכשרתו של מתמחה במקרים חריגים בכל שלב של תהליך התמחותו. זאת, בהתייעצות עם מדריכיו ומוריו. כמו כן רשאית ועדת ההוראה להתנות את המשך ההתמחות בתנאים מיוחדים, כגון חידוש אנליזה אישית, קבלת מטופל נוסף וכד'. *תקנון ההוראה תהליך סיום ההכשרה